Как известно основным штаммом бактерий, вызывающих холеру, является Vibrio cholerae. Он имеет две разновидности, в частности «классическую», которая стала причиной эпидемий 19 века, а также «современную». Ее назвали Эль-Тор, она вызывает большую часть эпидемий с 1960-х годов. Впервые «современную» разновидность обнаружили в египетском городе Эль-Тор в 1905 году.
До сих пор причины, по которым Эль-Тор сменил классическую разновидность, были неизвестными. Чтобы их объяснить необходимо изучение геномов бактерий, которые вызывали эпидемии XIX века. Однако ученые постоянно сталкивались с одной и той же проблемой - найти образцы бактерий, которые сохранились до наших дней, было невозможно.
Хендрик Пойнар из университета Макмастера в Гамильтоне (Канада) и его коллеги нашли заспиртованный фрагмент кишки человека, который скончался в результате холеры во время эпидемии в Филадельфии 1849 года. Образец находился в коллекции американского Музея медицинской истории Мюттера в Филадельфии.
Эта находка помогла им впервые расшифровать геном холерной бактерии 19 века. Благодаря полученным сведениям ученые предположили, что у классической разновидности и Эль-Тор был общий предок, существовавший в районе Бенгальского залива примерно тысячу лет назад.
Одним из основных симптомов холеры является сильная диарея, приводящая к обезвоживанию организма, за которую отвечает холерный токсин. Vibrio cholerae вырабатывает его благодаря генам, привнесенным в ее геном бактериофагом - вирусом, заражающим бактерии. Пойнар с коллегами выяснили, что в середине XIX века у классической разновидности холерной бактерии пропал один или более наборов генов, которые отвечают за кодировку токсина. Ученые считают, что потеря повлияла на нее, сделав менее заразной. Поэтому «классика» уступила разновидности Эль-Тор.